31 июля 1944 года за штурвалом американского самолета Lightning P-38 он должен был производить аэрофотосьемку тех районов в Савойе, через которые предстояло продвигаться войскам антифашистской коалиции после их высадки на средиземноморском побережье. Самолет пропал. Много десятилетий не было известно даже примерное место его падения. Оно было случайно обнаружено в 1998 году близ Марселя, когда сети рыбака извлекли со дна моря браслет-цепочку, на которой были выбиты имена Сент-Экзюпери и его жены Консуэло.
Два года спустя самолет с его номерными знаками отыскали близ острова Риу водолазы. Позже присутствие 31 июля 1944 года в этом районе самолета Lightning подтвердил и доживший до глубокой старости немецкий пилот, возвращавшийся в тот день на базу и видевший машину несколькими километрами выше своей.
Отправляясь в последний полет, Сент-Экзюпери сказал: «Если меня собьют, я ни о чем из своей жизни не буду сожалеть». Обломки его самолета, как подтвердили эксперты, были найдены в районе, где он вообще не должен был появляться, потому что боевое задание касалось совсем другой части Франции. Причины этого не понятны. То ли Сент-Экзюпери облетал зону непогоды, то ли натолкнулся по направлению к Савойе на сильный огонь зениток и решил вместо этого сфотографировать немецкие укрепления побережья. И по сей день продолжаются споры: либо он был сбит, либо 44-летний летчик и писатель, давно страдавший от депрессии и разных жизненных и любовных разочарований, покончил с собой.
Сторонников и той, и другой версии немало. «Я не верю в то, что это самоубийство, - считает племянник писателя Франсуа д»Аге. - Антуан всегда говорил нам: я пойду по этому пути до конца - либо доживу до окончания войны, либо погибну».
Обломки самолета переданы на хранение в находящийся близ Парижа, в Бурже, Музей авиации.